С принятием Лиссабонского договора:
- Вместо нынешней системы, при которой каждые полгода меняется страна, председательствующая в ЕС, будут введены должности президента Евросоюза и представителя ЕС по иностранным делам. В обязанности президента, который будет избираться главами государств на пять лет без права переизбрания, будет входить представительство ЕС на переговорах высшего уровня по вопросам внешней политики и безопасности, а также руководство работой Европейского совета. Право представлять ЕС на высшем уровне в вопросах внешней политики, по мнению членов парламентского комитета, должно быть предоставлено и председателю Еврокомиссии. Министр иностранных дел ЕС будет вести политические переговоры от имени ЕС на министерском уровне.
- Если сейчас в Еврокомиссии работает по одному комиссару от каждой страны, то с 2014 года количество членов Еврокомиссии будет уменьшено на основании равноправного принципа ротации. Например, у Латвии будет свой комиссар в течение 2 из 3 сроков созыва Европейской комиссии.
- Большая роль отводится Европейскому парламенту, который по своему значению Европейский парламент сравняется с Советом ЕС, в котором представлены страны-участницы. Минимальное представительство от страны в ЕП будет увеличено до шести депутатов, максимальное - уменьшено до 96. Общее число депутатов сократится до 751.
- Национальные парламенты будут напрямую вовлечены в процесс принятия решений уже на начальной стадии их разработки. Они смогут следить, является ли политика ЕС эффективной и максимально приближенной к его гражданам, и сравнивать ее результаты с законотворчеством на национальном уровне.
- Впервые в истории ЕС предполагается "гражданская инициатива", которая позволит 1 миллиону граждан ЕС (из почти 500 миллионов) потребовать от Еврокомиссии разработки законодательных предложений по любому вопросу.
- Совет ЕС сможет расширить сферу применения процедуры квалифицированного большинства голосов, что сделает работу более эффективной. К 2014 же году решения в Совете будут приниматься двойным большинством голосов, при котором у каждой страны будет один голос ("принято", если за него проголосуют 55% стран, которые представляют 65% граждан ЕС).
- Лиссабонский договор наделяет юридической силой Хартию основных прав, что означает большие гарантии соблюдения гражданских прав в ЕС.